核电站在设计、建造和运行时处处都考虑了对核辐射的防护。为了做到万无一失，核电站还对核辐射进行严密的监测。在核电站内部装设有许多监测探头，一旦发生异常，中央控制室就会发生警报，值班人员就会及时采取应对措施。在核电站以外的几十米到几公里内都设有辐射监测点进行严密的监测。必要时监测车、监测船和航测飞机做流动巡回监测，取样分析空气、水、土壤中的放射性以及粮食、牛奶和海产品中的放射性水平。

        2008年，国家海洋局相关部门开展了秦山附近海域生态调查，并与1989～1990年和1995～1996年的秦山核电站邻近海域零点生态调查结果进行了比较，结论认为：秦山核电的运行没有给杭州湾海域的环境生态和水质带来可以察觉的变化。